Debe su nombre al convento franciscano ubicado aquí desde finales del siglo XVI.

La ensenada en que se encuentra fue rellenada en 1628 para formar la plaza, próxima a la Aduana, evidencia del crecimiento de la villa y del aumento de su población.

Era el sitio de mayor vida de la ciudad: muelles, archivos e instituciones gubernamentales permanecieron aquí desde la segunda mitad del siglo XVII hasta que se trasladaron a la Plaza de Armas en 1791.

También transcurrían aquí  las populares Ferias de San Francisco, que comenzaban el día 3 de octubre de cada año y se realizaron hasta 1841, cuando se decretó la secularización del convento franciscano.

En el siglo XVIII se mejoró su entorno: se empedró la calle de los Oficios y se terminó el nuevo Convento de San Francisco de Asís, que tuvo la torre más alta de la isla en esa época. Las viviendas de la aristocracia habanera engalanaban el lugar, como símbolo fiel de los nuevos códigos arquitectónicos, con lo cual la plaza se convirtió en lugar fundamental de la ciudad.

En el siglo XX aparece el edificio de la Lonja del Comercio para regir el desarrollo de las operaciones mercantiles en la zona, y un año más tarde el nuevo edificio de la Aduana, con lo cual se acentúa el carácter que desde el siglo XVII mostró este rincón.

En el centro de la plaza se levanta la Fuente de los Leones, obsequiada a La Habana por Claudio Martínez de Pinillos, conde de Villanueva, y colocada aquí en 1836.

La Plaza de San Francisco vuelve a cobrar vida con los trabajos de restauración en este centro de atracción y desarrollo de la ciudad de San Cristóbal de La Habana.

Oficios y Amargura, La Habana Vieja